Importar PDB y mmCIF
Carga un archivo de coordenadas de tu equipo para abrirlo en el visor molecular.
Una estructura 3D sobre la que seleccionar, medir y analizar.
LAS HERRAMIENTAS, EN CONTEXTO
De una estructura.
A tu siguiente hipótesis.
Cada herramienta, paso a paso: qué datos necesita, qué puedes hacer con ellos y cómo interpretar el resultado. Desde importar una estructura hasta compartir tu análisis.
01 Datos de partida
Abre una estructura o encuentra una secuencia.
Empieza con tus archivos o consulta fuentes públicas desde el espacio de trabajo.
Buscar por identificador PDB
Introduce un ID de RCSB PDB para recuperar su estructura. Requiere conexión al repositorio.
El modelo cargado sin descargar e importar el archivo manualmente.
Buscar secuencias en UniProt
Consulta proteínas por texto y filtra por organismo, longitud o entradas revisadas.
Identificadores y secuencias FASTA para preparar tu siguiente análisis.
Consultar la ficha de una proteína
Revisa nombre, organismo, longitud y procedencia cuando estén asociados a la entrada.
Contexto del modelo y enlaces a fuentes como UniProt, PDB y PubMed.
02 Visor molecular
Relaciona el residuo con su entorno 3D.
Explora proteínas y complejos sin separar la secuencia de la estructura.
Cambiar representación y color
Alterna cintas, superficies y detalle atómico. Colorea por cadena, hidrofobicidad o confianza si el modelo la incluye.
Una vista adaptada a la arquitectura, superficie o región que estudias.
Seleccionar residuos y ligandos
Selecciona elementos en el visor y relaciona su posición con la secuencia de la proteína.
Una región identificada para examinar su entorno o realizar mediciones.
Cargar mapas de densidad
Añade un mapa CCP4/MRC, DSN6/BRIX u OpenDX compatible y ajusta el nivel de contorno.
El volumen superpuesto a la estructura para inspección visual.
Reproducir conformaciones
Cuando hay una trayectoria cargada, recorre fotogramas, ajusta la velocidad y activa bucle o ping-pong.
Una reproducción de tus datos; esta herramienta no ejecuta dinámica molecular.
Consultar ensamblajes y anotaciones
Explora ensamblajes y etiquetas estructurales disponibles para el modelo cargado.
Contexto de las cadenas y componentes del sistema.
Potencial electrostático
Si el despliegue habilita PDB2PQR/APBS, calcula el mapa y ajusta las isosuperficies positivas y negativas.
Una representación del potencial; requiere ese servicio adicional habilitado.
03 Comparación
Pon números a las diferencias entre modelos.
Compara coordenadas y secuencias para localizar regiones conservadas o divergentes.
Superponer dos estructuras
Carga un modelo de referencia y otro móvil en dos ventanas del espacio de trabajo.
Superposición estructural y RMSD global de los residuos alineados.
Localizar desviaciones
Colorea la superposición por desviación y consulta los residuos que más difieren.
Desviación media y máxima, además de regiones que requieren inspección.
Alinear varias secuencias
Pega una entrada multi-FASTA y utiliza, si lo necesitas, la secuencia del modelo activo como ancla.
Alineamiento múltiple con conservación e identidad; requiere el servicio de alineamiento.
Pasar del alineamiento al visor
Selecciona columnas del alineamiento vinculadas al modelo activo.
Los residuos correspondientes resaltados sobre la estructura 3D.
04 Geometría e interacciones
Mide geometría, exposición y contactos.
Usa una estructura cargada y selecciona los átomos o cadenas necesarios para cada cálculo.
Los cálculos que se envían al servidor requieren el servicio de análisis disponible. Las métricas describen el modelo que aportas.
Distancias, ángulos y diedros
Selecciona dos, tres o cuatro átomos para definir la medida.
Mediciones representadas sobre la estructura.
Área accesible al disolvente (SASA)
Ejecuta el análisis geométrico del modelo.
SASA total y por residuo para examinar exposición al disolvente.
Área enterrada (BSA)
Selecciona las cadenas que quieres contrastar en el análisis de interfaz.
Una medida del área enterrada entre las cadenas seleccionadas.
Radio de giro y torsiones
Consulta el análisis de geometría de la estructura.
Un descriptor de compacidad y ángulos de torsión del modelo.
Contactos e interfaces
Inspecciona contactos cercanos, interfaces proteína-proteína, puentes de hidrógeno, puentes salinos y apilamiento π.
Listados y selecciones para localizar las interacciones detectadas.
Buscar bolsillos de unión
Solicita la detección sobre el receptor cuando el servicio correspondiente esté disponible.
Cavidades candidatas para inspección o preparación del centro de docking.
05 Mutaciones y calidad
Modela un cambio antes de aplicarlo.
Formula hipótesis estructurales y examina la geometría de la propuesta.
El modelado in silico y los controles geométricos no predicen por sí solos el efecto funcional de una variante.
Cambiar un aminoácido
Indica cadena, número de residuo, código de inserción si existe y aminoácido de destino.
Una propuesta de estructura mutante para revisar antes de sustituir el modelo activo.
Examinar choques de la variante
Inspecciona la nueva cadena lateral y su entorno con el motor de rotámeros.
Un reporte de choques estéricos para valorar el encaje geométrico.
Minimizar una propuesta
Selecciona el motor PDBFixer/OpenMM si el servicio está habilitado.
Una propuesta minimizada y energías antes y después del cálculo.
Revisar la calidad geométrica
Ejecuta el cribado de Ramachandran y choques sobre el modelo cargado.
Residuos o contactos a revisar antes de continuar el análisis.
06 Predicción y trabajos
De una entrada molecular a un trabajo en CESGA.
Configura la entrada, envía el trabajo y revisa los resultados desde el mismo espacio.
Requiere cuenta, workspace y acceso a CESGA configurados. Solo se ofrecen los motores habilitados; los tiempos dependen de la cola y de los recursos.
AlphaFold2 y ESMFold
Introduce una secuencia proteica y elige un motor disponible. ESMFold trabaja sin alineamiento múltiple de entrada.
Un trabajo de predicción de estructura proteica.
Boltz y OpenFold3
Construye la entrada con proteínas, DNA, RNA, ligandos o iones según las capacidades del motor seleccionado.
Una solicitud de predicción del sistema molecular compatible con ese motor.
Elegir recursos de cálculo
Configura CPU, GPU, memoria, tiempo y carpeta de destino en el editor del trabajo.
Una solicitud con recursos definidos y resultados organizados en el destino elegido.
Seguir la cola y consultar registros
Consulta el estado de tus trabajos y sus registros disponibles.
Seguimiento desde el envío hasta la finalización o el diagnóstico de un fallo.
Abrir el modelo resultante
Cuando el trabajo finaliza y sus archivos están disponibles, abre la estructura desde la cola.
El modelo PDB o CIF cargado para continuar el análisis en el visor.
Revisar confianza y procedencia
Consulta pLDDT, PAE y metadatos cuando el motor los proporciona.
Información para interpretar la confianza y relacionar el resultado con su entrada.
07 Docking
Explora poses de un ligando en un receptor.
Prepara un cribado computacional a partir de una estructura y un ligando.
Requiere receptor cargado, workspace y servicio de docking habilitado. Las puntuaciones no sustituyen una medida experimental de afinidad.
Definir el ligando y la caja
Introduce el ligando como SMILES y define centro y dimensiones de la caja. Si el modelo ya tiene un centro de bolsillo asociado, puedes utilizarlo.
La región del receptor en la que se buscarán poses.
Configurar la búsqueda
Elige semilla, exhaustividad y número de poses antes de enviar el cálculo.
Un trabajo de docking con parámetros de búsqueda explícitos.
Comparar y abrir poses
Consulta el ranking del trabajo y selecciona una pose para cargarla sobre el receptor.
Posiciones candidatas y puntuaciones estimadas para inspeccionar contactos.
08 Organización y colaboración
Conserva el contexto de tu investigación.
Agrupa estructuras y resultados y controla cómo los compartes con otras personas.
Organizar el workspace
Distribuye proteínas, complejos y resultados en carpetas dentro del espacio de trabajo.
Un árbol de trabajo para recuperar y abrir tus sistemas.
Trabajar con varias ventanas
Abre modelos en paneles y organiza su disposición para comparar sistemas.
Vistas de trabajo con su contexto de selección y estructura.
Compartir un complejo
Invita por correo, consulta los permisos y revoca el acceso cuando corresponda.
Acceso controlado al complejo; requiere sesión y permisos de compartición.
Sincronizar el espacio
Utiliza la sincronización del workspace con una sesión autenticada y el servicio disponible.
Persistencia y actualización del estado del espacio de trabajo.
09 Plugins científicos
Añade las herramientas que necesita tu proyecto.
Consulta la tienda para conocer qué aporta cada extensión antes de instalarla.
El catálogo puede incluir demostraciones. Revisa la ficha y su disponibilidad; instalar o administrar extensiones requiere los permisos correspondientes.
Consultar funciones y capturas
Abre la ficha de una extensión para ver su descripción, herramientas y ejemplos visuales.
Una explicación del módulo que incorpora al espacio de trabajo.
Revisar permisos e instalar
Revisa los permisos y capacidades solicitados antes de confirmar la instalación autorizada.
La extensión instalada según la configuración y compatibilidad del entorno.
Gestionar versiones
Consulta las versiones disponibles y las opciones de actualización o vuelta a una versión anterior.
Control sobre la versión de la extensión utilizada por tu equipo.
10 Exportación y comunicación
Lleva el resultado a tu siguiente reunión.
Comparte coordenadas, secuencias y vistas de la estructura con formatos adecuados al siguiente paso.
Exportar estructura y secuencia
Descarga las coordenadas o la secuencia del modelo con las opciones de exportación disponibles.
Archivos estructurales y FASTA para continuar en otras herramientas.
Guardar imágenes
Encuadra la molécula y exporta una imagen PNG o JPEG del visor.
Una vista del sistema para documentación o presentaciones.
Renderizar con PyMOL
Solicita una imagen de alta calidad cuando el servicio de render esté habilitado.
Un render de la estructura; depende del servicio adicional de PyMOL.
Componer y grabar un vídeo
Define fotogramas clave de cámara y graba el recorrido del visor.
Un vídeo descargable para explicar la estructura o el cambio de punto de vista.
Generar un informe PDF
Utiliza la exportación de informe con la información disponible del modelo.
Un documento para conservar y compartir el análisis.
Tu siguiente pregunta.
La exploramos contigo.
Cuéntanos qué sistema estudias y qué necesita tu grupo para dar el siguiente paso.